Svjetlost istinskog znanja i duhovne spoznaje bila je pokretač muslimana uvijek i svugdje, čak i onda i tamo gdje su objektivne okolnosti za to bile izuzetno nepovoljne. Možda je najbolji primjer toga vijekovima nestabilno balkansko tlo, opterećeno svakovrsnim trvenjima i čestim ratnim sukobima tokom posljednjih vijekova II milenijuma.
Samo na području današnjeg Sandžaka, turski putopisac Evlija Čelebi bilježi u toku 1661. godine 11 medresa, od toga 5 u Novom Pazaru. Evlija Čelebi je među njima zabilježio i postojanje Sinan-begove medrese koja datira iz XV vijeka, a koja u potonjim vremenima mijenja naziv u medresu Gazi Isa-beg, po osnivaču Novog Pazara i Sarajeva, velikom vakifu Isa-begu Isakoviću. Uz veliki broj očuvanih vakufa u Skoplju i gradovima koje je osnovao, za njegovo ime vezuje se i nastanak mnogih drugih gradova.
Zgrada stare Medrese nalazila se na mjestu gdje je sadašnja medresa Gazi Isa-beg, a kao i mnoge druge ustanove ove vrste, funkcionisala je pod teretom konstantne oskudice i mnoštva objektivnih neprilika. Brojne poteškoće ipak nisu bile prepreka da, u toku svog viševjekovnog konstantnog postojanja, sa tek nekoliko kraćih prekida, Gazi Isa-begova medresa bude stožer oko kojeg su se okupljale brojne generacije mladih ljudi, pristupajući korpusu njenih učenika.
Nakon završenog razreda učenici su dobijali „šehadetname“, odnosno svjedočanstva, a po završetku četvrogodišnjeg školovanja – „idžazetname“ – svjedočanstva o položenom završnom ispitu. Ali, ono najdragocjenije svjedočanstvo njihovog intelektualnog i duhovnog uzdizanja, slijedilo je nakon što su svršeni medresanti Gazi Isa-beg medrese nastavljali svoje životne puteve i profesionalno dokazivanje. Ne mali broj njenih učenika uživao je veliki ugled u funkciji potonjih državnih službenika i javnih radnika od dragocjenog uticaja.
Prva polovina XX vijeka bilježi, septembra 1946. godine, potpuni prestanak rada Medrese. Ali, „život je rat koji se mora junački voditi u cilju pojedinačnog i opšteg dobra“. Vršenje dužnosti zasnovane na ideji pravičnosti, na idealu koji proističe iz vrhunskog oblika dobrote – ljubavi, bilo je u vremenima koja su za nama, koliko stvar slobodnog izbora između pravog i krivog puta, toliko i stvar bodrog duha i jake volje.
Borba na Božijem putu bila je mnogostruka i mukotrpna. Bila je to borba protiv raznih strasti i zlih sklonosti pojedinca i još više borba protiv nemorala i svih drugih društvenih pojava koje su čovjeka udaljavale i tragično otuđivale od duhovnog izvorišta, iz kojeg proističe njegova prolazna kap života na ovom svijetu. Ili, još slikovitije, borba protiv nedostataka kobnih po čovjeka i zajednicu, nedostataka koje je uzrokovao ljudskoj prirodi oprečan i vještački konstruisan društveni poredak.
„Padom komunizma 90-tih godina, rađa se nova nada buđenja islamskog preporoda. 21. juna 1990. godine održan je seminar imama s područja Sandžaka, na kome je iniciran prijedlog o pokretanju inicijative za otvaranje Medrese u Novom Pazaru. Po milosti Božijoj, 17. septembra iste godine zvono za čas oglasilo je novi početak rada Gazi Isa-beg medrese.“ Kao izraz poštovanja i uvažavanja svih prava koja žena u islamu uživa, 1996. godine počela je sa radom ženska medresa u Novom Pazaru, a 2001. godine prvim školskim zvonom oglasila se i ženska medresa u Rožajama.
Za mali broj godina konstantnog rada postignuto je, uz Allahovu pomoć, mnogo toga, a planira se, inšallah, još mnogo više. Dvije nove zgrade za žensku medresu i jedna za Mušku, samo su početak realizacije jednog velikog projekta koji je garant opstanka muslimana na ovim prostorima.
Danas, Gazi Isa-begova medresa funkcioniše u svom novom kontinuitetu, po savremenim standardima i principima obrazovnih ustanova internatskog tipa.
Kao obrazovna ustanova koja djeluje na području Srbije i Crne Gore, Novopazarska medresa je registrovana kod nadlježnih organa Republike Srbije.
Diploma naše Medrese je svrstana u rang diploma bosanskih medresa i priznata u svim islamskim zemljama. U skladu s tim, nakon četvorogodišnjeg školovanja u Medresi, naši učenici nastavljaju školovanje na raznim svjetskim univerzitetima.
Mešihat IZ-e u Srbiji svake godine obezbijedi dovoljan broj mjesta za studiranje novopazarskih svršenih medresanata Fakultetu Islamskih Studija u Novom Pazaru, kao i prestižnim islamskim univerzitetima i fakultetima islamskih znanosti u BiH, Libiji, Libanu, Siriji, Saudijskoj Arabiji, Turskoj, Al-Azhar u Kairu, te na drugim fakultetima i univerzitetima u Srbiji i Crnoj Gori.
Valja pomenuti da ima učenika koji su vrlo teškog materijalnog stanja, te da im upravo Medresa posredstvom donatora nastoji obezbijediti stipendiju. Osnovni finansijski prihodi Medrese jesu zekat i sadekatu-l-fitr. To je jedan od osnovnih razloga što je važeća fetva Rijaseta Islamske zajednice u Bosni i Hercegovini kao i Mešihata Islamske zajednice u Srbiji da vjernici ovih prostora daju zekat i sadekatu-l-fitr isključivo za potrebe Medrese. Medresa je, dakle, jedina srednja islamska škola u zemlji, te smo je zato dužni brižljivo čuvati kao emanet kojim nas je Allah, dž.š., počastio.
Medresu „Gazi Isa-beg“ pohađaju učenici iz Novog Pazara, Tutina, Sjenice, Rožaja, Prijepolja, Bijelog Polja, Petnice, Priboja, Pljevlja, Plava, Bara, Podgorice, Prizrena, Dragaša, Peći, Skoplja, Novog Sada, Subotica, Pančeva, Beočina, Bora, Beograda i drugih gradova i mjesta u bližem i daljem okruženju.